一种实用的研究分子间体内互作实验方法-ChIRP
1、克隆一个基因是指从一个个体中获取一段基因(例如通过PCR的方法)，然后将其插入另外一个个体(通常是通过载体)，再加以研究或利用。 基本概念克隆通常是一种人工诱导的无性生殖方式或者自然的的无性生殖方式(如植物)。
2、SPR分子互作是一种光学现象，可用于实时跟踪生物分子在其自然状态下的相互作用。这种方法不会损伤生物分子，也不需要任何标记。
3、分子间相互作用有：离子或荷点基团、偶极子、诱导偶极子之间的相互作用、氢键、疏水基团相互作用，及非键电子推斥作用等。
4、然后用 western-blot 的方法，可以用这些可能的互作蛋白的抗体去进行检测，就能验证这种蛋白质之间的相互作用了，如图 4。根据实验目的的不同，免疫共沉淀的方法可以有很多可以修改的地方。
5、生物分子的相互作用可通过多种检测手段进行检测，如荧光能量共振转移（FRET），荧光偏振（FP），时间分辨荧光（TRF）均相时间分辨荧光（HTRF），Western-Blot等， 而这些检测技术均可在酶标仪中实现。
6、合成小肽。如果我们能够确定出几个candidates（候选），那么这几个肽段就有进一步实验下去的价值了。人工合成这几个小肽，然后让他们去和蛋白A互作。ELISA之类的方法可以有效的帮助我们监控这个过程。
关于mRNA上的m6A富集分析文献解读
作者用Ldlr mRNA的互补序列探针进行pull-down实验钓取细胞的Ldlr Mrna，然后用m6A抗体进行WB检测pull-down产物，表明Ldlr Mrna上含有m6A富集。CTL探针的pull-down产物作为对照。
即m6A修饰引起Snail前体mRNA剪接和成熟RNA的降解(引起剪接的结论是如何得到的？)。随后用YTHDF2，一种甲基化酶reader来看成熟Snail mRNA上的甲基化水平随时间变化，作为补充。
由于我是生信菜鸟，我不太懂，希望有专业人士可以指导一下~)(3) GO富集分析发现m6A修饰的基因主要富集在神经发生和神经发育通路；(4) motif分析发现6mA的常见修饰寡核苷酸是GGAAT，肖传乐等人的文章中得到的motif是[G/C]AGG[C/T]。
最常见的motif GGAC 在 m6a 峰中显著富集，大部 分 METTL3 结合位点位于 CDS区，在 5UTR 和 3UTR 高度富集，并且 m6A在转录水平上发生了全局低甲基化。
